La estructura de directorios en la que se organiza un sistema Linux es en forma de un único árbol  de directorios y de forma jerarquiza.  Cada disco partición o CD tiene su propia organización lógica y al mismo tiempo pertenece a la misma estructura lógica de todo el sistema. Para poder usar cualquier dispositivo se tiene que montar en un directorio existente, y aparecerá como el contenido de un directorio.

Cada distribución Linux hace la modificación de un estándar a la hora de estructurar el árbol de directorios, para adaptarlo a sus propias necesidades. De todas formas el estándar es el siguiente:

/ — Directorio raíz.

/bin— Binarios y comandos esenciales de todo el sistema Linux.

/boot— Archivos fundamentales para el arranque.

/dev— Archivos de dispositivos.

/etc— archivos de configuración.

/home— Directorio para las cuentas de usuario.

/lib— Directorio de las librerías compartidas.

/mnt— Directorio de montaje de dispositivos temporales.

/root— Directorio de home del usuario root.

/sbin— Binarios fundamentales del sistema.

/tmp— Ficheros temporales.

/usr— Aplicaciones de usuario.

/var— Directorio de información variable, log etc.

 

Esto permite realizar una gestión muy coherente ya que los dispositivos se comportan como directorios y así poder tener la seguridad mejor estructurada y poder asignar mejor el espacio de almacenamiento. Para esto hay que gestionar los usuarios y asignar a /home el espacio para cada uno. Además de que si es un servidor de correo o impresión debería tener /var con partición asignada también ya que ahí se mantiene toda la información y luego es fácil hacer y recuperar las copias de seguridad.